با افزایش رو به رشد تمایل سازمانها به استقرار سیستمهای مدیریت، همراستا با مأموریت و اهداف سازمان، اداره کل بندر و دریانوردی خرمشهر نیز با هدف ارائه خدمات با کیفیتی برتر  ، افزایش رضایت مشتریان، حفظ محیط زیست ، صرفه جویی در مصرف انرژی و افزایش ایمنی ذینفعان، اقدام به استقرار سیستم مدیریت یکپارچه IMS (سیستمهای مدیریت کیفیت ISO 9001، سیستم مدیریت محیط زیست ISO 14001 و سیستم مدیریت ایمنی و بهداشت حرفه ای OHSAS 18001) نموده است.

این اداره کل با اتکا به نیروی انسانی توانمند و با پیاده سازی تفکر سیستمی در طی سالیان گذشته در سال 92 نیز موفق به اخذ گواهینامه سیستم مدیریت یکپارچه IMS از شرکت ایرانی- استرالیایی KQR  شد.

لازم به ذکر است پیاده سازی این سیستم از سال 86 آغاز و با حمایت مدیریت فرایندگرا و تکیه بر کارکنانی متعهد به بهبود مستمر در کلیه فعالیتهای اداره کل در سال 92 نیز برای هفتمین سال پیاپی نگهداری این سیستم را مورد تأیید ممیزان قرار داد.